El imperio incaico con el Inca Pachacutec a la cabeza logró su máxima expansión en el siglo XV. En su conquista sometieron a los Warpes, quienes adoptaron muchas de sus costumbres, tales la vestimenta y los cultivos de maíz y quinoa.

Su mismo espíritu sumiso de los conquistadores hizo que prontamente fueran víctimas de los encomenderos y por el cual enviaban a los indígenas cuyanos a trabajar a Chile, de los traficantes de esclavos que los vendían a Chile, de los aprovechados cazadores de indios, sufrieron también la falta de defensa contra las enfermedades traídas por los europeos; los malos tratos que los encomenderos daban a los indios; el mestizaje, etc.

Los pocos sobrevivientes se refugiaron en las lagunas de Guanacache y otros se sumaron a alejadas tribus rebeldes (como los Puelches). También se reunió una importante población huarpe en las ciudades chilenas, especialmente en Santiago, en las cuales era la única mano de obra disponible para la explotación de propiedades y minas y para las obras comunales.

Actualmente están de pié en lucha por la recuperación de su cultura y de sus derechos.